제3기 신생대(6,640만년전 ~ 현재)

제3기는 몇 개의 큰 지각변동으로 특징지어진다. 그결과 알프스 산맥이 형성되었고, 북아프리카 산맥이 솟아올랐다. 신생대 제3기에는 또 홍해 지구대가 형성되었으며, 제3기 말기에는 화산활동 및 지각 단층활동이 활발했다.

팔레오세(5,780만~6,640만 년 전)에 형성된 지층은 동물의 화석이 묻혀 있어 그 중요성이 높다. 이 시대의 해양지층에는 화폐석(육안으로 보이는 크기의 단세포 동물로 일종의 커다란 유공충)·노틸로이드(촉각이 머리에 달린 연체동물로 껍질이 있는 두족류)·섬게 등의 화석이 묻혀 있는데, 이들 화석은 북아프리카·서아프리카·사하라에서 발견된다. 북아프리카·서아프리카·인도양에 접한 아프리카 해안지역 일대에서는 에오세(3,660만~5,780만 년 전)의 화폐석과 올리고세(2,370만~3,660만 년 전) 및 마이오세(530만~2,370만 년 전) 유공충들이 발견된다.

대륙지층은 크게 복족류(腹足類)인 프슈도케라토데스(Pseudoceratodes) 및 디로사우루스(일종의 파충류) 화석이 묻힌 에오세 하부지층과, 규산이 화합된 삼림 및 물고기·거북·악어·뱀과 포유동물 화석이 묻힌 에오세 말기 및 올리고세 지층으로 나뉜다. 이집트에서는 올리고세의 퇴적물이 알파이윰 지역에서 발견되었는데, 이 퇴적물에는 포유동물과 새·거북·악어 등의 화석이 포함되어 있다. 동아프리카의 빅토리아·루돌프(투르카나) 호 연안에서 발견되는 마이오세 초기 지층에서는 마스토돈(코끼리를 닮은 거대한 포유동물)과 프로콘술 아프리카누스(Proconsul africanus：사람상과의 유인원에 속하는 커다란 원숭이로 멸종되었음) 화석이 나오고 있다. 이 지역에서는 또 마이오세 말기에 아프리카와 유럽으로 동시에 들어간 중앙 아시아의 히파리온(발가락이 3개인 말의 조상) 화석이 발견되며, 또한 마이오세 말기에 살았던 케냐의 케냐피테쿠스(Kenyapithecus：유인원의 일종) 화석도 발견된다.

지각변동으로 최초의 텔아틀라스 산맥 대습곡운동은 올리고세에 일어났다. 마이오세에는 북아프리카의 플리시(flysch：주로 사암으로 이루어진 두껍고 넓은 지층)가 엘리프에서 튀니지 북부에 이르기까지 북쪽에서 남쪽으로 밀려났다. 텔아틀라스 지층의 이동은 마이오세 말기와 플라이오세(160만~530만 년 전)까지 계속되었다. 훨씬 남쪽에 있는 고지 평원지대는 대체로 거의 지각변동을 겪지 않았으며, 남쪽으로 아틀라스 산맥 북쪽과 접해 있는데, 그 너머에는 사하라아틀라스 산맥이 있다. 마이오세 중기에는 대륙의 지각운동으로 오레스 대산괴가 약 990m나 치솟아올랐다. 오레스는 남쪽으로 사하라 북부 구조대와 접해 있으며, 서쪽으로 모로코의 아가디르로부터 동쪽으로 튀니지의 가베스 만까지 뻗어 있는 사하라 구조대는 습곡이 발달된 지중해 및 알프스 고원지대로부터 아프리카 순상지를 분리시키고 있다.

올리고세 말기에서 마이오세 초기에 걸쳐 아랍-누비아 순상지에서 발생한 지각운동으로 아라비아 반도를 아프리카 대륙으로부터 분리, 홍해가 형성되었다. 길고 거대한 땅덩어리가 가라앉자 그 단층협곡으로 지중해의 물이 쏟아져 들어가 예멘까지 뻗친 만이 형성되었다. 이 만은 지부티와 아덴 사이에 있던 지협만 지나면 그대로 인도양과 합류할 수 있었다. 마이오세 말기에는 수에즈 지협이 형성되었고, 앞서 형성된 만은 해저에 증발 잔류암(증발 결과 형성된 퇴적암)이 두텁게 쌓인 염호가 되었다 (→ 색인 : 수에즈 만). 플라이오세 일부 시기에는 아시아에 살던 동물들이 수에즈 지협을 건너 아프리카로 들어왔다. 플라이오세에는 또 지부티-아덴 지협이 함몰되어, 인도양의 바닷물이 홍해로 쏟아져 들어와 수에즈 지협에까지 흘러들었다.

마이오세 및 플라이오세에 있었던 지각변동으로 아프리카 대륙에는 북동쪽에서 남서쪽으로, 그리고 북서쪽에서 남동쪽으로 발달된 단층들이 형성되었다. 알제리 남부의 아하가르 산맥과 리비아 및 차드의 티베스티 지역, 에티오피아, 동아프리카 전역, 카메룬, 기니 만의 비오코 섬(옛 이름은 페르난도포 섬), 상투메 섬, 프린시페 섬은 화산폭발과 현무암 분출로 지각에 균열이 생겼다.